Giám mục Emmanuel Lê Phong Thuận được tấn phong giám mục năm 1975, thời Giáo hoàng Phaolô VI, bởi:[1]

• Chủ phong: Giacôbê Nguyễn Ngọc Quang, giám mục chính tòa Giáo phận Cần Thơ.

Giám mục Emmanuel Lê Phong Thuận là Giám mục Chủ phong trong nghi thức truyền chức cho các giám mục:[1]

• Năm 1993, Gioan Baotixita Phạm Minh Mẫn, hiện đang là Hồng y, Nguyên Tổng giám mục Tổng giáo phận Thành phố Hồ Chí Minh.
• Năm 2003, Stêphanô Tri Bửu Thiên, hiện đang là Giám mục chính tòa Giáo phận Cần Thơ.

Giám mục Emmanuel Lê Phong Thuận là Giám mục phụ phong trong nghi thức truyền chức giám mục cho các vị:[1]

• Năm 1975, Raphael Nguyễn Văn Diệp, cố giám mục Phó Giáo phận Vĩnh Long.
• Năm 1999, Giuse Trần Xuân Tiếu, hiện là nguyên Giám mục chính tòa Giáo phận Long Xuyên.
• Năm 1999, Giuse Ngô Quang Kiệt, hiện là nguyên Tổng giám mục Tổng giáo phận Hà Nội.
• Năm 2003, Antôn Vũ Huy Chương, hiện là nguyên Giám mục chính tòa Giáo phận Đà Lạt.